Gene Ontology Application in Microarray clustering

Attached is a survey about GO Application in Microarray clustering.

Abstract
Microarray enables high-through analysis of gene information, thus lead to revolutionary changes in Bioinformatics research. Clustering is the basic method applied in microarray processing. Different clustering algorithms from pattern-recognition are adopted in microarray clustering. But during the processing, biology knowledge of genes is lost, and researchers found the majority of clusters are not related to known biology. Gene Ontology provides a valuable, computationally accessible form of the community’s knowledge in a structured way, and many studies have revealed that GO should be applied in microarray analysis.



Keywords: Microarray, Clustering, Gene Ontology, Interoperability, Collaboration, Decentralization, Inference, Visualization


BTW: http://fadshop.net/blog/others/569 The Semantic Web.ppt is slides about Tim Berners-Lee's article in Scietific American: The Semantic Web A new form of Web content that is meaningful to computers will unleash a revolution of new possibilities. ...

The Kingdom of Heaven

《拜占廷，君士坦丁堡和伊斯坦布尔》原本是我看“The Kingdom of Heaven”之前做的功课。这个电影说的是一个人在家乡犯了事，“跑路”到耶路撒冷，最终成为一名真正的骑士，娶得美人归。从此，王子和公主过着美好的生活...

虽然其中有宗教，有男女，有平等，但骑士是片子的主题。“忠诚，诚实(Tell the truth even when it will lead to death)，勇敢”的那段誓言，不知道谁能帮我找到原文？

两段对话比较有意思：
“我能在耶路撒冷洗清我的罪么？”“Let's find out together.”
“我原以为我们为了上帝而战，其实我们是为财富而战，为土地而战。”


遗留一个问题：“骑士”称号，在中世纪，是否由教廷颁发？是忠于皇室还是忠于国家还是忠于教廷？战风车的堂吉柯德是最后一个骑士，那么骑士的本来面目是怎样的呢？

Update:
Steven commentted: Don Quixote is not the last knight. Even today, Knight is still part of the Royal recognition, called orders of chivalry. Knighthood is usually grant by monarchs. origianlly knights are warriors following noblemen, or noblemen following kings. Later in the middle age, Knight was the term refering mounted armour soldiers. Then later, knight became the title of noblemen trained for military duties. Because traditionally, Northern European armies were mostly foot soldiers, but later, mounted troops, chivalris became more and more importent because the invaders were usually mounted. These chivalries were the knights.
(May, 30)

拜占廷，君士坦丁堡和伊斯坦布尔

当年，耶稣只责备不信上帝的人，不抵触当时的罗马帝国，基督教就渐渐在罗马帝国(公元前27年-476年)内传播。
(Wiki)


313年，亲和基督教的君士坦丁一世和另一个皇帝在米兰颁布《米兰赦令》，承认了基督教的合法地位；12年后，君士坦丁干掉了那个皇帝，统一全国；再过5年他来到连接亚欧大陆，横跨海峡的拜占庭，定都于此，改名为君士坦丁堡。


我想，他定都在这里，目的是想要继续向亚洲进攻吧？帝国的标志双头鹰同时观望东西，准备捕猎！

可惜，他在这里只呆了7年。337年，他死翘翘之后，儿子/侄子们争夺皇权，把罗马帝国拆得七零八碎。395年，终于分裂成西罗马帝国（首都罗马）和东罗马帝国（首都君士坦丁堡）。

东西文化不同，政权不同，基督教也就发生了变化。1054年，基督教也就分裂成西罗马的天主教Catholicism和西罗马的正教Orthodox。这次分裂可以认为是欧洲中世纪的开端。

早在7-8世纪，伊斯兰教出现并占据了阿拉伯半岛，基督教的圣城耶路撒冷沦陷了。现在，伊斯兰教发展较成熟，土耳其甚至多次进攻君士坦丁堡，宗教冲突和领土冲突纠合在一起，罗马教廷发起了持续200年的十字军东征，声称要杀到耶路撒冷，其实，从罗马到耶路撒冷肯定经过君士坦丁堡呢！


果不其然，第四次十字军东征，这帮军队在经过君士坦丁堡时忽然改变了主意，在当地洗劫了一个星期！在此之前，两个宗教其实还是互相承认，这次军事行动就完全撕破了脸皮，结了仇。直到去年，保罗2世（就是刚死的那个）才对此事正式道歉，双方才算揭过此事。

话说正教的老窝被端了，手下也就不太尊敬它。所以现在大家说起东正教，估计脑袋里想到俄罗斯的东正教比较多。

扯远了。虽然欧洲都帮忙打仗（第四次东征之后还有4次进攻耶路撒冷，有输有赢），1453年伊斯兰教还是占领了君士坦丁堡，灭了东罗马帝国。史上这个国家也称“拜占庭帝国”。


1930年，改名为伊斯坦布尔。

伊斯兰教占领了这个城市，把原来畅通的欧亚通道堵上，把欧洲那些君王急坏了：以后怎样去弄东方的香料和珠宝呢？当时科技渐渐发达，据说地球是圆的，于是哥伦布挂帆，向西走，南辕北辙地来到美洲(1492)，以为这里是印度，就把当地人叫作印第安人。50年之后，才由麦哲伦真正来到印度，并完成了环球航行，确认了地球是圆的科学设想。这都是君士坦丁堡被占的结果啊！

语言四不像

我的家乡小镇使用的是客家话，不过小学毕业后考上县城的中学，我就开始说粤语了。后来大学到了北京，现在在北美，普通话和英语成了我的主要语言。

到县城之后我很成功地学会了粤语，完全没有“乡下口音”。当然，当地人大多数也都会这两种语言，一点也不奇怪。所以到了北京我也立下雄心壮志，相信在那里几年之后别人也听不出我的口音。但是刚到北京，连自己的名字都说不出来，舌头拐不过弯。在家乡虽然我们读语文课本的时候也用普通话，看《新闻联播》也听普通话，但自己从来没有自由的说过，现在就有问题了。

总之，5年之后，大学生活已经结束了，我才辗转地听班里一个女同学说起大一的一个班会上，我曾经站起来发言，说了一大通，她（还有班里大多数同学）一点都听不懂我在说什么。这个情况我当时倒不知道 :(。

在北京两个月之后，我拜访学校里大四的老乡，他很高兴，转过头来跟他宿舍的人说了两句话--我忘记他说了什么，但是从他浓重的南方口音里，我知道我4年之后也只能是这个样子！（其实应该是3年，是吧？）

所以，我很快放弃了“没有口音”的梦想，投入到了多姿多彩的大学青春生活中。班里一个广东梅县的同学（梅县当然说客家话了）还拿出《广州音字典》来学习粤语，我从来没有为这个烦恼过。

普通话我都没有认真练，到了北美，更没必要为了口音问题而担心了。况且我在这里还找到口音更严重的：印度、巴基斯坦来的人，说话没有清辅音，把p说成b，t说成d，说起话来嘟嘟嘟嘟一大串，口音这么重，速度还特快，本地人tmd还都能听懂！于是我就吃了定心丸，反正这里是移民社会，大家都是外来的，口音太正常不过了。要是我在北京碰到碧眼金发的老外，说着纯正的普通话，我才不习惯呢。


英语和普通话的口音很重，起码我的客家话和粤语是纯正的，为什么这个blog的题目是“语言四不像”呢？惭愧啊惭愧。我的客家话和粤语是纯正的家乡口音，跟正宗的广州、香港的粤语和梅县的客家话不一样。就好像东北话和普通话的区别。还好，在家乡看的香港武打片比较多，粤语我还能装10分钟。在多伦多跟一群香港人初交往时他们很快听出我的口音，我就解释：我本来是说客家的。

不错，我本来确实是说客家的，但是现在跟梅县的客家人聊天，我根本聊不下去，很快就变成普通话了：反正他们也都会说普通话。



延伸阅读：
那良故事之: 滚水漉出捱
[Music]誓言猶在耳邊
周末歌曲：幸福进行曲
周末歌曲：法语歌？

心绪

别人都在往前走，只有我在原地踏步。
春天都要结束了，我还是窝在家里，很少出来看一眼。
自责让我更加沮丧。

Time to make a change.

网络蚂蚁今何在?

新语丝(XYS20050409)转载了一个日月光华上的讨论，提到一个名字“洪以容”。这个名字对我那个年代上网的人都应该是很熟悉的，因为他是网络蚂蚁的作者。

话说当年大家都是用拨号上网，33.6的速度在网上下载软件很折磨人，1M的文件可能要下十几分钟。GetRight实现了“断点续传”的功能，也就是说今 天下载不完，还可以关机之后明天接着下。98年夏天，网络蚂蚁横空出世，利用断点续传的功能，把大文件切割成几块，同时下载，速度基本上提高2-3倍，很 短的时间内流传大江南北。

我一直佩服网络蚂蚁的实现。FTP断点续传的功能大家都知道，但是有多少人想到从几个点同时下载，加快下载速度呢？现在我们知道了这个方法，看起来很不稀奇，但是第一个想出这种办法的，绝对是天才。

是的，天才成了上海交大的计算机研究生。网络蚂蚁的作者洪以容成了一个传奇。

新语丝的文章中说到

上 海交通大学洪以容，孙德文在《计算机工程》杂志发表的一篇《服务器性能测量工具webperf》通篇作为David Mosberger发表的《httperf——A Tool for Measuring Web Server Performance》一文的真子集。

从标题大家应该能够看出交大作者仅把httperf改为webperf而已。前者选取后者章节若干节翻译组成，其中的重要数据不改，文章的结构不改，连客套性的话都完全照搬（懒人！！！！）。

所以，我查到了文中所提的两篇文章：

计算机工程2001年2月期，Web服务器性能测量工具Webperf，作者 洪以容，孙德文 （出处：万方数据）

以及 D. Mosberger and T. Jin, httperf - A Tool forMeasuring Web-Server Performance, In SIGMETRICS Workshop on Internet Server Performance, June 1998 （出处：作者主页http://www.hpl.hp.com/personal/David_Mosberger/httperf.html）

两篇文章一打开，只要会英文字母的人都能发现，二者摘要完全一样。

内容上面，httperf文结构为：

1, Introduction
2, An example of using httperf
3, Design
3.1 Sustaining Overload
3.1.1 Limits to Client-Sustainable Load
3.2 Measuring Throughput
4, Inplementation
4.1 Scheduling Granularity
4.2 Limited Number of Ephemeral Ports
4.3 Slow System Calls
5, Conclusions

而webperf为：

1,设计
1.1维持稳定的请求负载
1.2 吞吐量测量
2，实现
2.1 调度粒度
2.2 Ephemeral端口的数目限制
2.3 低效的系统调用
3，未来的发展方向
4，总结

把httperf文的 2,An example of using httperf 和 3.1.1 Limits to Client-Sustainable Load 省略掉了。除此之外，其中每一节都是httperf文的翻译。

webperf文第二节果然有htterf的字样

再看看文后参考文献，完全相同的8篇文献，只有第一篇和第二篇的顺序换了一下。


webperf论文上的介绍

作者简介：洪以容(1973～)，男，硕士生，主研方向：计算机网络及分布式系统；
作者单位：洪以容,上海交通大学计算机系

与网络蚂蚁作者洪以容的介绍是一致的，所以肯定是同一个人。

How to add Technorati Tag in Firefox using greasemonkey?

Dear All:

Several days ago I read a Taiwan blog talking about how to add Technorati Tag in Firefox using greasemonkey. I installed greasemonkey following the instruction, but I don't know how to add the specific javascript into Firefox. At that time I was busy, so I didn't try it hard, and I didn't leave a message for help.

Now I want to try it again, but I couldn't find that blog. If you know any information about this tool, please let me know. Thanks.


Ben.

Weekend Music: 南美风情

Technorati Tags: [Weekend_Music]

Corazon de melao
Corazon在西班牙语/葡萄牙语中是“心”的意思，但是没有查到melao是什么。总之，这首歌说的是一个女的跳舞很厉害。
下载连接

Conrazon de melao, melao melao melao
Conrazon de melao, melao melao melao
Emmanuel thinks about the girl
he knows all too well
she's got him a tangle
and she's got him in her spell
she dances with his mind
and she dances on the floor
and she knows how to drive him so lo-co!
(ad lib - passing chord: so she goes)
Emmanuel knows she's trouble
but what else can he do
she's got him 'round his finger
with her different points of view
she can dance away her troubles
she's danced into his life
she got him working hard for her
all night!
Conrazon de melao,melao melao melao
Conrazon de melao,melao melao melao

Emmanuel seen it all
but no like this before
a girl who turns up the heat
by walking through the door
and when she hits the dancing floor
she burns up all the lights
she's the one and only one thing in his sight
Emmanuel just doesn't know
where this all is gonna lead
he only know what he wants
and what he really needs
he needs to know
what makes her tick
and all her other games
he knows no other woman
be the same
Conrazon de melao, melao melao melao
conrazon de melao, melao melao melao
melao melao melao ……

这首歌意境上很象谭咏麟的"火美人":

火美人

曲:容敏璇
词:林振强

在某处我碰到过舞姿好比火花的一个火美人
在那处我半醉过醉中给她一手偷取我心
若有晚你碰见那舞姿好比火花的一个火美人
代我说我已厌了再痴想她请她交出我心

当天她身体似火舞近
将火花洒於我心
漆黑中她的眼睛笑问
怎么不彼此靠紧
ya...今夜我身
mu...今夜我身

随狂风飞舞着
孤单极疯癫的追忆
追忆她的火吻
她的火吻